艮第公国公爵大胆的查理的惟一继承人玛丽联姻，获得勃艮第的全部领地。1490年，匈牙利国王马提亚逝世，马克西米连收复下奥地利和维也纳，统一哈布斯堡家族领地。1491年，他与波西米亚兼匈牙利国王亚盖隆家族的拉迪斯劳斯二世达成协议，如果他没有直系男性后代，则由哈布斯堡家族成员继承其领地。 1493年，腓特烈三世去世，马克西米连继位成为皇帝。1494年，他再娶米兰女继承人为妻，将势力渗入意大利。这招致法国国王查理八世率军入侵意大利。马克西米连遂与教皇、西班牙、威尼斯和米兰结成神圣同盟，对抗法国和奥斯曼帝国的同盟。1496年，西班牙女继承人疯女胡安娜与马克西米连之子菲利普联姻。1516年，二人之子查理登基成为西班牙（共治）国王。同年，查理之弟斐迪南迎娶波西米亚兼匈牙利国王路易之妹，确立两国王位继承人的身份。 1519年，查理登上所有哈布斯堡家族领地的君主宝座，此时，他是西班牙的卡洛斯一世、神圣罗马帝国卡尔五世、西西里的卡洛二世、那不勒斯的卡洛四世，尼德兰和西属美洲的统治者，以及其他许多小国的君主（在其中一些国家他名义上与其母胡安娜女王共治，但胡安娜因为被疑精神失常，一直被关在一家修道院里直到1555年驾崩，对政局几无影响）。他无愧为当时欧洲最为强大的封建领主。1522年，查理将奥地利诸邦以及家族在北意大利的领地分给其弟斐迪南。查理在1556年退位时，把神圣罗马帝国皇帝的名号传给斐迪南。哈布斯堡家族分为西班牙哈布斯堡家族和奥地利哈布斯堡家族。 1526年，在第一次摩哈赤战役中，拉约什二世阵亡。斐迪南立刻根据先前的协定继承波西米亚王位，并与奥斯曼帝国支持的约翰·扎波利亚展开匈牙利王位争夺战。1529年和1532年，奥斯曼帝国苏丹苏里曼一世两次围攻维也纳。1544年，奥土达成协议，匈牙利分为三部分，西部由奥地利统治，中部由土耳其统治，扎波利亚之子日格蒙德则成为土耳其庇护下自治的特兰西瓦尼亚君主。 1554年，斐迪南又将奥地利领地一分为三：奥地利、提罗尔和施蒂里亚，交给三个儿子。 奥地利哈布斯堡时期（1556－1740） 1556年，查理五世退位，斐迪南一世正式继承奥地利大公与神圣罗马帝国的帝位，开启奥地利哈布斯堡家族的统治。 1517年，德国天主教教士马丁·路德因不满罗马教廷的赎罪券政策，发起宗教改革。自当时的马西米连一世开始，历任哈布斯堡君主都对基督新教都采取容忍政策，因此新教得以在德国广播，而且传到奥地利哈布斯堡家族治下的波希米亚。由于君主的容忍新教，哈布斯堡君主一直被选为波希米亚国王。 帝国局势在1617年急转直下，狂热天主教徒斐迪南二世，继承他的表哥，成为奥地利大公和神圣罗马皇帝。他对新教的零容忍政策，导致他落选波希米亚国王。为夺回王位，斐迪南决定征服波希米亚，反促成神圣罗马帝国内的新教诸侯结盟援助波希米亚，更导致帝国周边的新教国家丹麦和瑞典入侵哈布斯堡家族领地。而改信新教的荷兰反西班牙的独立运动的加剧，和后期信奉天主教的法国加入反哈布斯堡联军，使情况雪上加霜。 虽然波希米亚叛军和丹麦王军被哈布斯堡皇军打败，但与瑞典和法国的战事一直僵持。因此，斐迪南二世将波希米亚王位让与儿子斐迪南三世，以纾解当地民愤。当斐迪南二世逝世后（1637年），斐迪南三世立即与各国议和，终于在1648年签订威斯特伐利亚和约。 三十年战争虽然削弱神圣罗马帝国对内各邦国的控制，使帝国陷入四分五裂的诸侯自立状态；但是，战争期间，奥地利与波西米亚的新教徒都被肃清与“感化”成天主教徒；战后哈布斯堡又强化自身领地的控制力，维持一支五万人的常备军，并在奥地利、波西米亚与西里西亚等地区都建立绝对君主制（专制君权）。因此三十年战争只是使神圣罗马帝国衰落崩解，实际上反而强化皇帝的本体实力。所以1648年后，只能说它扩展皇权的计划挫败，不能说它因此中衰。 从1637年登基的皇帝斐迪南三世，到1658年继位的利奥波德一世（1658-1705年在位），两位皇帝都以各种方式，驯服自家的领地上的贵族地主。皇帝勒令农民每周三天，替贵族地主作白工，鼓励贵族地主将大量农产品卖出获利，换取奥地利与波西米亚贵族对君王的效忠。这个方式获得极大的成功，贵族地主因此向君王（两位皇帝）交出原本的政治特权，任由哈布斯堡家族，掌控主要的立法与收税大权。绝对君主制因此稳定地扎根在哈布斯堡领地上，并且越扎越深。 虽然因为匈牙利贵族的强力反抗，使得贵族特权被大量保留，但是哈布斯堡皇帝在优秀将领拉依蒙多·蒙特库科利的帮助下，先在1661-1664年于匈牙利抵挡住奥斯曼帝国的十二万大军