德川幕府参战后，东江军又增兵五万，防务完全交给民兵中精锐者接手。同时新版戚家光也从海路出发，进攻已经被萨摩藩侵占的原琉球北部的奄美群岛。由于出兵规模较大，明朝再次宣布进入战时状态，这时候军事化变革已经初步转变了社会风气，科举加入军事内容以后第一代的有相当带兵练兵能力的童生已经成长起来，举人、进士更是其中胜出的强者，因此没有第一次那样的阻力。
和针对后金的不同，这次战争明军从一开始就保持和武器装备上的优势，最新研制生产的一批两万支燧发枪已经达到历史燧发枪顶峰，英国“褐贝斯”燧发枪的性能，有效射程达到200米。望远镜和火炮用的也是高配版，比郑芝龙军中使用的高出一大截。
最厉害还是崇祯式二型火箭黑尔火箭，最远已经飞行4500多米，达到了这种武器历史性能的颠峰。换成三尾翼旋转了以后，精度也增强了，这比之前茅元仪脑洞出来的“火龙出水”效果强大太多了，“火龙”其实是明军时存放火箭用的圆形筒子，只是口设计成了龙头形，就是一个存放武器的架子。
茅元仪的脑洞把这个武器架子作为一级火箭发射出去，等动力耗尽时，里面的火箭才点火作为第二线发射增加射程，现代有爱好者作过实验，二级火箭没错，射程也够，只是精度太差，落点远近参差不齐，难以形成密集覆盖打击的效果，实战效果有限，崇祯火箭二型则可以作为远射程集火武器。
当然作为海战远程压箱底的武器，不会轻易暴露出来，这次使用的只是射程2000米左右的版本，够用就行，只是比郑芝龙军中所使用的一型康格里夫火箭强得多，这样就已经在多次海战中一边倒碾压日军了，战果比万历朝鲜战争收尾的露梁海战好得多，露梁海战岛津第五军团成功救出了小西行长撤回了日本，而且在交战过程中明军水师副将邓子龙、朝军水师主将李舜臣阵亡，总体来说还是日军占了上风。
万历朝鲜战争明军的兵力就远少于日军，还打出了碧蹄馆之战这样被十倍兵力的日军围攻成功突围的战例，现在明军战斗力已经今非昔比，所有士兵都已经练成了龙象般若功第二层，攻防体力大增。除了远程火器，中程佛朗机炮，近程毒火喷筒、钉篷火箭都是本来就有的明军制式海战武器，只是质量性能都有改进。
因为五毒教的加入，毒火喷筒的更新了配方当然是保密的，杀伤力大增。钉篷火箭就是射中船篷后倒须张开，能钉在船逢上燃烧，不会落地的火箭，船篷比起船体其他地方更加容易燃烧，成了烧船的利器，露梁海战明军烧毁日军战船的主力武器还是这个，而不是“火龙出水”，现在改成了十支一匣的连弩击发，效率大增。各类近战跳帮格斗冷兵器当然更加不缺。
而日军的战力和武器比起万历年间没有多少长进，日军使用的铁炮火绳枪最大射程150米，有效射程只有50到80米，只能破开当初明军八毫米的盔甲，现在不仅火力远不是明军对手，就连击中也破不开明军升级后的战甲了。还有一队约500人手持五六丈长矛的长矛兵，近战冲击力很大，可是还没有近战的机会就被炮火和毒火喷筒重创。
战事前后延续了一年多，明军重创集结的各路日军主力，退回本藩，萨摩藩兵力更是损失大半，包括藩主岛津光久在内的岛津氏族人都有五个被击杀，家臣更是伤亡数十人，收复了被萨摩藩侵占的奄美群岛。解救出了被萨摩藩扣为人质琉球王室成员回国。
战争是以解救被日本欺压的琉球王国的名义开始的，这个目标达到以后也没有再咄咄逼人，开始了停战谈判。不过日本的灾难并没有结束，萨摩藩财富积累几乎掏空还不够支付明方和琉球提出的赔偿数额，雪上加霜的是朝鲜也趁火打劫，提出了万历年间入侵造成破坏的统计和赔偿。
明朝当然也不会真的为琉球打白工干赔本买卖，崇祯和内阁商议又与沈飞交流以后，决定实行经济殖民的策略，要求日本开放对明朝的商业贸易，允许明朝和琉球、朝鲜商人在日本开社商号、购买日本房产和土地、购买日本矿产开采权、允许雇佣日本当地民众工作为条件抵消赔偿不足部分。
矿产开采权少不了很多穿越小说里提到的石见山的银、还有一些铜、煤、石英、火山灰、琉黄等资源，这段时间日本民间租税极重，而且各地藩府向农民逼租都手段残酷，过几年就因此酿成了“岛原之乱”，以十六岁的天草时贞为首的借天主教的外皮反抗幕府的日本历史上最大规模农民起义，不追求天堂，提出建立地上神国。
现在提前几年以商业手段雇佣部分日本农民是很好的拉拢乃至控制日本民间的办法，时间一长就是要求日本民间亲明雇员倒幕都不成问题。明朝还加强琉球王田的武装，把一部分明军淘汰下来的火绳枪、虎蹲炮和冷兵器援助给了琉球。日本锁国之后禁止天主教，只允许明朝和荷兰商船到长崎贸易，荷兰人之前已经被郑芝龙重创，现在更是几乎让明朝独占了对日本贸易。
这次对日一战主要是海战，战争过程和总结推演资料也交给了国子监军校进行研究
，其中一部分交给了宣化司作为素材。其中也讨论过如果是