刚刚进入甘肃境内五天，韦一笑就回来报信，说他还没有陕西，战事就出了大变故。红巾军西路军攻克汉中以后，本来一路进展顺利，连克秦州、陇州和巩昌，重创了协助蒙古侵占四川的汪世昌建立的、经营百年的巩昌汪氏汉奸家族。
一路进军顺利，使西路军未免有些信心膨胀。之后就出兵攻打凤翔，凤翔是陕西四川蒙古军都万户所在地，是元军在西北的核心聚集区，如果凤翔被攻克，光复陕西全境指日可待。元军也明白这一点，因此在凤翔攻防占时整个陕西的元军都全力增援，导致西路红巾军付出重大伤亡最终失利。
之后西路红巾军转战入甘肃，连下泾州、平凉，不过元军下决定拔掉这支红巾军，倾巢出动，察罕特穆尔、张良弼、拜帖木儿、定住、汪长生奴各部联合出兵、围攻作为西路红巾军大本营的巩昌，只少了一个早就被自己干掉的李思齐。西路红巾军原来是流动作战，进行城市攻防战并不擅长，现在陷入消耗战局势不妙。
沈飞知道巩昌保卫战是历史上西路红巾军衰落的关键，如果他们及时退走，损失还不至于太大，或许舍不得放弃这个攻占不久的汪氏经营百年的繁华之地，才在这里不断消耗兵力。最后大刀敖、白不信战死，李武、崔德、李喜喜分散突围，最终覆灭。
沈飞早就预计碰到数量远远多于己方的元军的准备，最简单的办法当然是在安徽时那样亲自出手开无双杀溃元军，可是这样军队得不到锻炼。历史上正牌戚家军对敌打出一比几十的交换比是常事，空间里储备了足够的后勤物资，沈飞也不是太担心，不过还是留了一些后手，作好了最坏的打算。
这个后手就是使用生化武器，传染性最大的欧阳锋的蛇毒和“金蚕蛊毒”，给每一对金银血蛇喂食欧阳锋的蛇毒，培育成“超级怪蛇”，必要的时候施放出去给战场上来上一次“流毒无穷”，以35对70条金银血蛇的数量、咬人速度加中毒自相残杀，一波带走几千敌军不成问题，倒毙的尸体又是新的喂蛇毒源。金银血蛇极珍贵，损失一条都心疼，这还是作为第二方案。
第一方案还是“金蚕蛊毒”，鲜于通中毒后周身是毒，沾上一点就会被传染，传染性还在欧阳锋蛇毒之上，不过不能“无穷”，毒性会随着扩散减弱。而且毒性可以用九阳神功内功抗住，可以用药物驱走，不如蛇毒猛烈，这些年饲养繁殖金蚕取得的毒粉数量也足够，是最佳选择。
按胡青牛的驱毒药方熬药，用布浸上药制作了五百副防毒口罩，药材有限，不过也足够了。如果要使用，就由那200个记名弟子戴上口罩出击，用毒火喷洞在战场上施放金蚕蛊毒，放倒几万人不成问题。虽然他们修炼了两年《九阴真经，也没有把握能单纯凭内力抗住金蚕蛊毒，戴上口罩就保险了。
不过这些是非常规的特殊后备手段，首选还是正规战见真章。全军昼伏夜行，三天之后到达巩昌外围，趁天亮不久，战斗部除了兵器特殊的五行旗核心2500人留守以外，全军出击，以鸳鸯阵为基本单位，组合成四面都可以对敌的“一头两翼一尾”菱形战阵，对正在攻城的元军背后发动突袭，杀得元军一阵大乱。
锐利的兵器、前所未有的战法都让元军手足无措。经过半天的拼杀，完全击溃了攻城元军步兵，杀伤元军三万多人，摧毁缴获攻城器具200多具，兵器两万多件。自身伤亡仅仅将近1500，此战元军兵力是己方的六倍约人，这个交换比相比起正牌戚家军对抗倭寇自然是差得远了，不过作为第一次作战，正面搏杀六倍元军的战果已经很不错了。
当然这也是倚仗突袭之利，之前葵花卫和亲传弟子经过周密的侦察，选择了元军正在全力攻城时出击，从背后插上一刀，否则没有这样的战果，伤亡也会更大。不过就是这次攻其不备，取得了宝贵的战斗经验，这也是沈飞决定全军出击的原因，再来两三次这样的战斗，这支军队的战斗力就会不下于正牌戚家军。
这一战基本扫荡了元军步兵，沈飞只是在打扫战场时收了散落的兵器以节省时间，不管是否损坏，可以事后分类处理修复使用或者回炉。伤亡的士兵，死了的按明教的仪式，圣火火葬，受伤的，战场上基本上是外伤，根本不用沈飞、胡青牛出手，由医疗兵抹上伤休养一段时间就能复原。