间，他也巧遇了一位老医生-正是格里沙的父亲，也就是自己的亲祖父，仍以“克鲁格”的假名和他座谈，但最终祖孙并未相认。
之后，兄弟二人见面时，艾伦假意接受了吉克的“艾尔迪亚人安乐死计划”。在马莱国实际统治者，“战锤巨人”持有家族的威利·戴巴集结世界各国政要，号召合力剿灭帕拉迪岛的演讲当晚，艾伦让法尔科将莱纳请到演讲会场旁一栋居民楼的地下室中谈心。
长期被愧疚和压力折磨的莱纳跪倒在艾伦面前忏悔，请求艾伦杀掉他。艾伦似有和解原谅之意，但听着窗外戴巴将艾伦·耶格尔指责为祸乱之源的慷慨演讲，艾伦还是决定要战斗到底。于是艾伦变身巨人，大闹演讲会场，杀死了威利及在场众多政要和平民。
此时戴巴家族真正的巨人之力持有者——威利之妹变身“战锤巨人”与艾伦交战。预先潜入的调查兵团，马莱方的野兽巨人，车力巨人，颚之巨人和战士队队长迪奥·马加特的部队纷纷现身参战。阿尔敏在马莱港口变身超大型巨人的爆炸摧毁了马莱舰队，断了收容区内马莱军的后援。
激战后艾伦找出了战锤巨人的本体，但其被保护在和阿妮相同的高硬度水晶中无法吞噬。战斗中艾伦发现颚之巨人的牙和爪能够破坏水晶，在三笠的配合下用颚之巨人之牙作夹子咬碎了水晶，得以吞噬战锤巨人。另一边野兽，车力巨人也在兵团的围攻下败下阵来。
正在艾伦试图将颚之巨人一同吞噬时，原先丧失斗志的莱纳以未覆盖铠甲的不完全巨人化姿态现身，虽被艾伦一拳打倒但同时抢回了颚之巨人。此时艾伦也耗尽了力气，和三笠一同登上飞艇撤回帕拉迪岛。由于本次的潜入行动是艾伦的独断专行，裹挟着兵团配合其擅自行动，飞艇上利维兵长和同伴们并未给艾伦好脸色。同时，马莱的艾尔迪亚战士候补生少女贾碧·布朗（也是莱纳的表妹）和法尔克在无人注意下登上了飞艇。对艾伦的虐杀满怀仇恨的贾碧枪杀了104期的萨沙·布劳斯。艾伦询问了萨沙的遗言，得到答案后，发出了莫名的笑声。
返回帕拉迪岛的艾伦因违反军纪再一次被关了禁闭，韩吉前来探望时，艾伦威胁道可以凭借新获得的战锤巨人之力随时离开禁闭室。韩吉感到对艾伦束手无策，十分头痛。艾伦在马莱初战的大捷极大地鼓舞了岛内的激进派。大量民众拥在总统府前要求释放艾伦。
以扎克雷总统为代表的高层因艾伦难以掌控，流露出另寻他人继承艾伦的巨人之力的想法。这时数名拥护艾伦的激进新兵用炸弹暗杀了扎克雷总统，艾伦此时也终于利用战锤巨人的能力破墙逃走，和以弗洛克·福斯特为代表的激进士兵群体会合，组成“耶格尔派”。
另一边，在马莱之战中在众目睽睽下本体被利维炸死的吉克，实际上随着调查兵团登上了飞艇被带回岛内，被利维带队囚禁在巨树之森，耶格尔派的首要目的就是促成兄弟俩的会合。韩吉率调查兵团前往希甘希纳的军部调查耶格尔派的动向。抵达后，艾伦和数名耶格尔派士兵突然出现，威胁三笠，阿尔敏和在场的贾碧共同上桌谈话。谈话中艾伦声称三笠和阿尔敏是他最为厌恶的“奴隶”，令三笠和阿尔敏伤心至极。
阿尔敏怒不可遏之下和艾伦发生斗殴后不了了之。尔后，耶格尔派占领了军部，除韩吉被挟持带领前往吉克的囚禁之地，其他调查军团的成员则被囚禁。而后，艾伦要求贾碧用无线电向马莱军求援。此时事先潜入的车力巨人皮克突然出现，用枪威胁艾伦。然而艾伦毫不畏惧，反过来对皮克进行威慑。皮克看似屈服于艾伦的威慑，向他坦白自己也是为了保全家人，实际上也打算反抗马莱，并要向艾伦指明其他的马莱间谍，让艾伦到屋顶上去。
艾伦登上屋顶，潜伏在楼下人群中的波尔克·加里亚德变身颚之巨人从下方破墙突袭，咬掉了艾伦的双腿。艾伦当即变身巨人。天空中驶来马莱军的飞艇，莱纳和其他马莱战士空降而下。局面变成艾伦对战车力，铠甲，颚三体巨人。艾伦利用战锤巨人之力生成地刺以对抗铠甲和颚的围攻。车力巨人搭载武器在远处狙击艾伦的头部使艾伦陷入被动。然后，野兽巨人突然在城墙上方现身支援，向艾伦身边二巨人投掷石头攻击。
在吉克投石攻击掩护下艾伦开始向希甘希纳大门移动。莱纳，波克则全力追击，力图阻止耶格尔兄弟发生接触。此时吉克突然被马加特射出的反巨人炮弹击中后颈，本体被削去大半身子而坠下墙头。陷入危机的吉克发动了“吼叫”将被暗算而饮下其脊髓液的岛内军方高层，以及偶然饮下脊髓液的法尔克变成了听命于自己的无垢巨人。
莱纳见此悲愤地对艾伦发动猛攻。艾伦则咬住莱纳的手臂后发动全身硬质化将其困住，本体则从后颈处脱离，向城门处的吉克奔去。就在兄弟二人近在咫尺之际，一旁的贾碧捡起对巨人狙击枪向艾伦开火。子弹击中了艾伦的脖颈，头颅就这样飞了出去。
天与地之战赶在艾伦完全死亡之前，吉克伸手接住了艾伦的头颅，始祖巨人和王血巨人的接触终于完成。艾伦的意识在一处异空间内苏醒，在那里等着的的是被锁链束缚在地上，须发皆长的吉克，以及一根通天光柱。吉克称那